Olá,
já fiz integrações com MoIP, e pagseguro, pra algumas plataformas, nunca com shopify e boletofacil
porém vendo a API deles por cima de como funciona a integração, não é nada difícil.
Tenho bastante experiencie em WebApps (PHP/Jquery/Ajax).
Se quiser maiores informações fique a vontade para entrar em contato.