Dar de baja una empresa no creo que tenga muchos inconvenientes en su país.
Por lo que tengo entendido el problema que ve es el tema de los impuestos no declarados.
No estoy seguro de si en su país sucede como en España donde los gastos soportados por el negocio se pueden descontar como gastos de empresa y por lo tanto se restan los impuestos pagados por maquinaria, material de oficina, etc.. en la declaración de Impuestos para que le devuelvan dinero.
Al ser una Sociedad Limitada si tiene algún tipo de deuda la responsabilidad civil está limitada a lo invertido en la empresa, por lo que su capital personal y bienes están asegurados. (no son embargables).
Si la empresa no ha tenido actividad alguna o muy poca deberá demostrar que ha sufrido pérdidas y declarar el cese de la actividad.
Como ya le digo, no sé exáctamente la situación de la empresa y tampoco estoy seguro de que se apliquen los mismos procedimientos que en España pero yo le aconsejaría que se informe en alguna Gestoría de su país porque van a necesitar abundante documentación y seguramente le puedan ayudar mejor en el tema legal de la misma.
Tambien puede recurrir a un abogado pero creo que le costará mucho más caro el proceso de cierre.
Estos consejos que le doy es porque no creo que me sea adjudicado pero me gustaría que los tubiese en cuenta para que le vaya bien.
Un Saludo